Depuis la Conquête de 1760, la présence de l'Église catholique dans la Province de Québec est menacée. Le changement d'Empire fait en sorte que la religion officielle du territoire devient plutôt l'anglicanisme. La couronne britannique, avec la Proclamation royale, interdit la perception de la dime et empêche l'Église catholique de nommer un successeur à l'évêque en place au moment de la Conquête.
Malgré ces circonstances difficiles, le clergé catholique réussit à maintenir son rôle important dans la société. Effectivement, après l'adoption de l'Acte de Québec en 1774, non seulement la religion catholique est encore très pratiquée par les Canadiens, mais le clergé réussit même à s'allier avec les dirigeants britanniques, qui apprennent à tirer profit de son influence sur les habitants francophones de la colonie.
Le nombre d'églises catholiques sur le territoire a augmenté à la suite de la Conquête. Tout au long de la Vallée du Saint-Laurent, les habitants vivant dans une seigneurie font aussi partie d'une paroisse, ce qui leur donne l'occasion de participer à la vie spirituelle catholique de leur communauté. Cette réalité est aussi vécue par les habitants des villes.
Les communautés religieuses issues du régime français n'ont pas toutes connu le même sort lors du changement d'Empire. Les Récollets et les Jésuites se sont vu interdire l'adhésion de nouveaux membres par les Britanniques à la suite de la Conquête. Ne pouvant plus remplacer leurs membres à la suite d'un décès par exemple, ces deux communautés s'effritent dans le dernier quart du 18e siècle.
Au cours de la guerre de la Conquête, des bâtiments appartenant aux Ursulines sont détruits. Cependant, par la suite, celles-ci développent des relations cordiales avec les autorités anglaises, qui les laissent agir de manière autonome.
La chapelle des Ursulines, à Québec
Bien que très peu pratiquée dans la Province de Québec, la religion anglicane devient néanmoins la religion officielle de la colonie après la Conquête. À la suite de l'Acte constitutionnel de 1791, plusieurs mesures sont mises en place afin d'assurer le développement de l'Église anglicane dans la colonie, notamment au Bas-Canada où la population est majoritairement catholique.
L'anglicanisme est l'une des branches du protestantisme. Les religions protestantes rejettent l'autorité du pape. L'anglicanisme a été fondé par Henri VIII, roi d'Angleterre, après le refus du pape d'officialiser son divorce.
C'est en 1787 qu'un premier diocèse anglican est fondé en Amérique. Installé en Nouvelle-Écosse, il couvre le territoire du Québec, de l'Île-du-Prince-Édouard, de Terre-Neuve et des Bermudes. C'est six ans plus tard, en 1793, qu'un diocèse est fondé à Québec. Son siège, la cathédrale de la Sainte-Trinité de Québec, est établi en 1804. Il s'agit du premier édifice anglican de haute importance en dehors des iles britanniques.
Cathédrale de la Sainte-Trinité de Québec
Comme en Angleterre, l'évêque de Québec siège au Conseil législatif au Bas-Canada. Cela lui confère un rôle politique important qui l'aide à mieux établir la religion anglicane dans la colonie. En effet, étant donné que la majorité de la population est catholique, le premier évêque du diocèse anglican de Québec, Jacob Mountain, doit limiter l'influence de l'Église catholique dans la colonie.
Jacob Mountain, premier évêque anglican de Québec
Afin de soutenir économiquement l'Église anglicane et de lui permettre de s'établir dans la colonie, les autorités lui octroient le 1/7 des terres divisées en cantons au Bas-Canada. Ainsi, le clergé anglican devient propriétaire de plus de 900 000 acres de terre au Bas-Canada et encore plus au Haut-Canada.
Ce sont les communautés religieuses qui sont responsables de l'éducation et des soins de santé des habitants de la colonie depuis la fondation de celle-ci. À la fin du 18e siècle, comme les communautés religieuses catholiques vivent des difficultés, très peu d'hôpitaux et d'écoles sont accessibles. En dehors des villes de Montréal, de Trois-Rivières et de Québec, le taux d'analphabétisme augmente chez les francophones et il est difficile d'avoir accès à des soins de santé. Effectivement, le pourcentage de Canadiens français analphabètes est de 96 % en 1810.
Non seulement il y a peu d'écoles anglicanes dans la Province de Québec à la fin du 18e siècle, il y a aussi peu de familles anglophones. Comme ces dernières vivent majoritairement dans les mêmes quartiers à Montréal et à Québec, les écoles anglicanes sont construites spécifiquement en ces lieux. De ce fait, dans ces quartiers, l'école est beaucoup plus accessible pour une famille anglicane que pour une famille catholique.
En 1801, malgré les protestations des députés canadiens et de l'Église catholique, la loi de l'Institution royale est implantée au Bas-Canada. Cette loi vise à mettre en place des écoles gratuites et publiques anglophones contrôlées par des anglicans.
Plusieurs Canadiens français et l'Église catholique réagissent en rejetant ces écoles anglophones et anglicanes qui visent, selon eux, à assimiler les Canadiens français.
Bien que le clergé catholique s'abstient habituellement de remettre publiquement en question les décisions des autorités britanniques, il se prononce en défaveur de cette loi. Comme les catholiques sont responsables de l'instruction publique, ils craignent que la loi de l'Institution royale nuise à leur influence auprès de la population canadienne.