Au cours des années 1840, l'Église obtient officiellement, de la part du gouvernement britannique, la responsabilité de l'éducation, des hôpitaux, des asiles et des organismes de charité. Cette situation lui donne énormément de pouvoir puisqu'elle est présente au sein de plusieurs sphères de la vie de la population.
Monseigneur Ignace Bourget, l'évêque de Montréal, utilise différents moyens pour faire augmenter le nombre de religieux et de religieuses au Canada-Uni. À Montréal, quatre communautés religieuses vont être créées et plusieurs autres provenant de France vont venir s'installer dans la colonie. Sous le mandat de Monseigneur Ignace Bourget, on construit plusieurs écoles, hôpitaux et orphelinats, en plus d'augmenter considérablement le nombre de religieux et de religieuses dans la Province du Canada.
Deux systèmes sont mis en place et se développent parallèlement durant cette période. Les différentes institutions sociales sont séparées en deux. Les protestants anglophones ont leurs propres écoles et hôpitaux tandis que les catholiques francophones dirigent leur propre système scolaire et de santé.
Grâce à la collaboration de l'Église catholique avec les autorités britanniques, le clergé gagne en importance. Ils ont donc plus d'effectifs (prêtres, communautés religieuses, etc.), de responsabilités et de pouvoir. Leur influence sur la population canadienne-française est très présente à partir de 1840. En réaction à l'influence grandissante de l'Église catholique, deux courants de pensée en opposition émergent durant ces années : l'ultramontanisme et l'anticléricalisme.
Dès 1840, au Canada-Uni, l'Église catholique se développe grandement. Elle tente d'augmenter son influence au sein de la population.
L'ultramontanisme est un courant de pensée qui met l'Église au sommet de la pyramide des décisions. On croit que l'Église est la plus importante et même que l'État doit se soumettre à ses décisions.
Les ultramontains croient que seule l'Église catholique sait ce qui est bien et ce qui est mal, que ce soit du point de vue culturel, moral, religieux ou politique. Ce faisant, la Loi de l'instruction publique de 1841 est bien reçue par les ultramontains, ce qui permet à l'Église de partager ses valeurs et d'influencer les jeunes Canadiens francophones par le biais de l'éducation. Ainsi, les écoles catholiques et les écoles protestantes commencent à coexister au Bas-Canada, et ce, du primaire à l'université.
Les ultramontains ont des valeurs très conservatrices. Par exemple, ils s'opposent au droit de vote des femmes et ils valorisent la vie à la terre et l'agriculture.
Les valeurs de l'Église s'opposent aux idées libérales. Si des écrivains et des penseurs publient des textes qui remettent l'Église en question, cette dernière interdit à ses fidèles de les lire. Les philosophes des Lumières, comme Rousseau, sont bannis puisqu'ils propagent des idées telles que la liberté de pensée et de religion ainsi que la raison.
Les libéraux, qui s'opposent aux ultramontains, dénoncent la grande influence de l'Église dans les sphères de la vie des Canadiens, surtout en ce qui concerne l'éducation. Ils souhaitent que l'État et la religion soient séparés. Cela se nomme la laïcisation et permet aux institutions d'être neutres.
L'anticléricalisme est un courant de pensée qui souhaite que l'Église s'occupe uniquement de la religion et non de la politique ou de l'éducation.
L'Institut canadien de Montréal est fondé en 1844. Cet institut rassemble des gens, protestants ou catholiques, qui souhaitent assister à des conférences sur la science, la politique ou la philosophie. On y a également la possibilité de consulter des livres ou des journaux à propos de plusieurs sujets tels que le droit, la science ou la littérature. Quelques-uns de ces livres font même partie de l'Index, une liste de livres dont l'Église catholique interdit la lecture. Plusieurs autres instituts se forment à Québec et à Trois-Rivières.
L'Institut canadien de Montréal est en désaccord avec l'influence grandissante de l'Église sur la société. Il défend des idées de liberté qui sont contre les valeurs de l'Église et c'est pour cette raison que l'Institut fonde le journal L'Avenir pour y partager ses idées. Cette situation ne plait pas au clergé ni à Monseigneur Bourget, l'évêque de Montréal. Ce dernier ordonne même aux catholiques de ne plus fréquenter l'Institut. Il menace également d'excommunier les catholiques qui font partie de l'Institut.
Une personne excommuniée est une personne qui est rejetée de la communauté catholique. C'est la plus grave des sanctions qu'un catholique peut recevoir.
En réaction aux menaces de Monseigneur Bourget et à l'excommunication de plusieurs membres, l'Institut canadien ferme ses portes à la fin des années 1870. L'Église aura ainsi réussi à faire disparaître sa seule véritable opposition, ce qui lui permet de maintenir son influence dans plusieurs domaines tels que l'éducation, la santé et la politique.
Au début des années 1840, les Canadiens français, voyant leur identité menacée par les différentes dispositions de l'Acte d'Union, vont développer un nouveau courant de pensée appelé le nationalisme de survivance.
Le nationalisme est un courant de pensée dont l'objectif est de faire la promotion et la défense d'une nation. Dans le cas présent, le nationalisme canadien-français est à risque de s'éteindre. C'est la raison pour laquelle on l'appelle le nationalisme de survivance. La religion catholique, la langue et la culture française sont les éléments qui sont en péril.
Dans ce contexte, l'Église catholique assume le rôle de représentant de la nation canadienne-française et devient le centre de l'identité des Canadiens français. L'Église va inciter les gens à mettre de l'avant le mode de vie traditionnel, soit le travail agricole. Elle incite aussi les partisans à avoir des familles nombreuses dans lesquelles le père est le chef.