Après plusieurs années de contrôle de la colonie par les compagnies, le roi arrive à la conclusion que la Nouvelle-France ne s'est pas développée comme prévu. En effet, la Compagnie des Cent-Associés n'a pas rempli son mandat de peuplement, en plus d'être déficitaire. Devant un tel constat, le roi décide de reprendre en main sa colonie.
En 1663, le roi instaure un gouvernement royal. Plusieurs mesures sont alors mises en place afin d'augmenter la population de la colonie, qui ne compte que 3000 habitants.
Au fil des générations, les colons s'adaptent à leur nouvel environnement et développent un mode de vie qui les distingue des Français, leurs ancêtres. Les contacts fréquents entre les colons et les Premières Nations ont également un impact important sur la manière de vivre de chacun de ces groupes.
Sur le plan économique, quelques changements importants s'opèrent dans l'organisation du commerce des fourrures. En effet, Jean Talon tente de diversifier l'économie en ne faisant plus de ce commerce le seul attrait. Le fruit de ses efforts sera cependant éphémère et cette activité demeurera la plus lucrative dans la colonie.
Les rivalités qui existent entre les grandes métropoles que sont la France et la Grande-Bretagne mènent, au 17e siècle et au 18e siècle, à plusieurs conflits. Ces conflits s'étendent rapidement jusqu'en Amérique du Nord, où éclateront quatre guerres intercoloniales opposant la Nouvelle-France et les Treize colonies.
La dernière guerre intercoloniale, la guerre de la Conquête, aura des conséquences majeures pour l'avenir de ces colonies. Entre autres, cette guerre marquera la fin de la Nouvelle-France sous la métropole française.
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